Mediante la Ley 48 del 20 de noviembre de 1958, se creó la Escuela de Agronomía, siendo el Ingeniero Enrique Enseñat su primer director. A partir de 1959 empezó a funcionar en el campus central como una unidad adscrita a la Facultad de Ciencias Naturales y Farmacia.
Dado el sólido estatus académico que adquiere la Escuela de Agronomía, en 1965 se constituye en la facultad de Agronomía. El Ing. Enrique Enseñat, tuvo el honor de ser su primer Decano.
El 1972 se crea la Estación Experimental de Río Hato, con el fin de ofrecer alternativas y respuestas a las necesidades de investigación agrícola en la región. En 1982, la sede de la Facultad es transferida del Campus Universitario a Chiriquí, y se conforma el Centro de Enseñanza e Investigación Agropecuaria de Chiriquí (CEIACHI).
Luego de la reestructuración académico-administrativa que ocurre en 1986, cambia su nombre a Facultad de Ciencias Agropecuarias, y se crean formalmente cinco escuelas y seis departamentos académicos. El mismo año, se establece la Extensión Experimental de Guararé y otra en la provincia de Darién. En los años 60 se establece la Extensión Experimental de Tocumen, conocida como Centro de Enseñanza e Investigaciones Agropecuarias de Tocumen (CEIAT).
Actualmente la Facultad cuenta con sedes en Chiriquí y el Campus Universitario Octavio Méndez Pereira. También cuenta con centros de investigaciones, entre ellos el más reciente, La Porcelana en Tortí, Chepo.
Decanos de la FCA-UP:
Dr. Enrique Enseñat
Dr. Héctor Roux
Ing. Ezequiel Espinosa
Dr. Gilberto Ocaña
Dr. Alfredo Bernal
Magíster Luis Carlos Salazar
Dr. Diógenes Cordero
Magíster Rodrigo Cambra
Magíster Enrique Wedemeyer
Dr. Juan Miguel Osorio
Magíster Eldis Barnes Molinar - Actual Decano
